В 1993 году Серж Танкян и Дарон Малакян основывали группу Soil, которая уже через два года распалась, и её участники создали новую группу, в которую пригласили Шаво Одаджяна. Он посещал ту же частную школу в Калифорнии, что и Танкян и Малакян, и поэтому был хорошо знаком с обоими музыкантами. Сначала Ш. Одаджян должен был стать менеджером группы, но в связи с отсутствием в группе бас-гитариста, стал играть на этом инструменте[2].

В 1997 году из группы ушёл барабанщик Энди Хачатурян, чтобы влиться в состав группы The Apex Theory. Тогда же на смену Энди пришёл Джон Долмаян[6].

    Основная статья: Toxicity

Следующий альбом Toxicity музыканты выпустили через 3 года, 4 сентября 2001[11]. Этот альбом получил статус мультиплатинового. «Toxicity» по стилю мало отличается от дебютного альбома группы и продолжает музыкальную философию коллектива и альбома предшественника. Именно благодаря этому альбому System Of A Down стали знаменитыми[12]. Альбом дебютировал на первой строчке чартов США и Канады, получив множество наград и став мультиплатиновым. По всему миру было продано около семи миллионов экземпляров[13].

Авторитетные американские издания благосклонно отозвались об альбоме. Так, журнал «Time» отметил, что группа «кричала громче и красноречивей всех». По словам журнала, «Серж Танкян умеет легко менять голоса, что он демонстрирует в «отличившихся» «Chop Suey!» и «Forest». Он знает как сделать так, чтобы голос звучал в одних моментах как у злого регента, а в других — как у солиста хора мальчиков. Все это прикрывает гитарист Дарон Малакян стеной жёсткого риффа». Журнал «Spin» написал, что «Toxicity — самый честолюбивый альбом среди остальных ню-метал альбомов. Это звучание современности»[14].